Main Help Component Analysis Calculate Chemical Shifts Determine Structure

Publications on CASPER

  • Structure Analysis of Glycans by NMR Chemical Shift Prediction
    M. Lundborg and G. Widmalm
    Anal. Chem. 83 (2011) 1514-1517
    Doi: 10.1021/ac1032534.
  • Sequence determination of oligosaccharides and regular polysaccharides using NMR spectroscopy and a novel Web-based version of the computer program CASPER.
    P.-E. Jansson, R. Stenutz, G. Widmalm
    Carbohydr. Res. 341 (2006) 1003-1010 PubMed 16564037
  • Computer-assisted structural analysis of oligo- and polysaccharides: An extension of CASPER to multibranched structures
    R. Stenutz, P.-E. Jansson, G. Widmalm
    Carbohydr. Res. 306 (1998) 11-17 PubMed 9691437
  • The structure of the capsular polysaccharide from Klebsiella type 52, using the computerised approach CASPER and NMR spectroscopy
    R. Stenutz, B. Erbing, G. Widmalm, P.-E. Jansson, W. Nimmich
    Carbohydr. Res. 302 (1997) 79-84 PubMed 9249953
  • A 1H- and 13C NMR study of oligosaccharides from human milk - Application of the computer program CASPER
    K. Hermansson, P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm, F. Lindh
    Carbohydr. Res. 235 (1992) 69-81 PubMed 1473113
  • CASPER - A computer program used for structural analysis of carbohydrates
    P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm
    J. Chem. Inf. Comput. Sci. 31 (1991) 508-516 PubMed 1757506
  • Computer assisted structural analysis of oligosaccharides using CASPER
    P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm
    Anal. Biochem. 199 (1991) 11-17 PubMed 1807153
  • Applications of the CASPER program - Comparison between experimental and simulated spectra and an enhancement procedure for the database
    P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm
    Acta Chem. Scand. 45 (1991) 517-522
  • Structural studies of the Escherichia coli O1a O-polysaccharide, using the computer program CASPER
    H. Baumann, P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm
    Carbohydr. Res. 211 (1991) 183-190 PubMed 1773429
  • Computer-assisted structural-analysis of polysaccharides with an extended version of CASPER using 1H-NMR and 13C-NMR data
    P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm
    Carbohydr. Res. 188 (1989) 169-191 PubMed 2673508
  • Structure of the O-antigen polysaccharide from Escherichia coli O18ac - A revision using computer assisted structural analysis with the program CASPER
    P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm
    Carbohydr. Res. 193 (1989) 322-325 PubMed 2482127
  • CASPER - A computerized approach to structure determination of polysaccharides using information from NMR-spectroscopy and simple chemical analyses
    P.-E. Jansson, L. Kenne, G. Widmalm
    Carbohydr. Res. 168 (1987) 67-77

Monosaccharide publications

The following articles are used for monosaccharide data in CASPER:
[1] Barton, D. H. R.; Géro, S. D.; Cléophax, J.; Machado, A. S.; Quiclet-Sire, B. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1988, 1184. [ DOI | http ]
[2] Baumann, H.; Tzianabos, A. O.; Brisson, J. R.; Kasper, D. L.; Jennings, H. J. Biochemistry 1992, 31, 4081-4089. [ http ]
[3] Brisson, J.; Crawford, E.; Uhrín, D.; Khieu, N. H.; Perry, M. B.; Severn, W. B.; Richards, J. C. Can. J. Chem. 2002, 80, 949-963. [ DOI | http ]
[4] Jansson, P.; Kenne, L.; Widmalm, G. Carbohydr. Res. 1989, 188, 169-191.
[5] Jansson, P.; Kenne, L.; Widmalm, G. Anal. Biochem. 1991, 199, 11-17.
[6] Jansson, P.; Kenne, L.; Widmalm, G.; Simoncsits, A.; M?nsted, O.; Weihe, H. Acta Chem. Scand. 1991, 45, 517-522. [ DOI | http ]
[7] Linnerborg, M.; Wollin, R.; Widmalm, G. Eur. J. Biochem. 1997, 246, 565-573. [ http ]
[8] Nifantiev, N. E.; Mamyan, S. S.; Shashkov, A. S.; Kochetkov, A. K. Russian Journal of Bioorganic Chemistry 1988, 14, 187-197.
[9] V., R.; L., L.; E., L.; G.P., E. Carbohydr. Res. 1997, 297, 289-295. [ DOI ]
[10] Roslund, M. U.; Säwén, E.; Landström, J.; Rönnols, J.; Jonsson, K. H. M.; Lundborg, M.; Svensson, M. V.; Widmalm, G. Carbohydr. Res., In Press, Accepted Manuscript. [ DOI | http ]
[11] Tsvetkov, Y. E.; Shashkov, A. S.; Knirel, Y. A.; Zähringer, U. Carbohydr. Res. 2001, 335, 221-243. [ DOI | http ]
[12] Zhu, Y.; Pan, Q.; Thibaudeau, C.; Zhao, S.; Carmichael, I.; Serianni, A. S. J. Org. Chem. 2006, 71, 466-479. [ DOI | http ]

This file was generated by bibtex2html 1.94.

Disaccharide publications

The following articles are used for disaccharide data in CASPER:
[1] Andersson, M.; Kenne, L.; Stenutz, R.; Widmalm, G. Carbohydr. Res. 1994, 254, 35-41. [ DOI | http ]
[2] L., A.; L., K. Carbohydr. Res. 1998, 313, 157-164. [ DOI ]
[3] Backman, I.; Erbing, B.; Jansson, P.; Kenne, L. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1988, 889-898. [ DOI | http ]
[4] Backman, I.; Jansson, P.; Kenne, L. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1990, 1383. [ DOI | http ]
[5] Baumann, H.; Jansson, P.; Kenne, L. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1988, 209-217. [ DOI | http ]
[6] Baumann, H.; Jansson, P.; Kenne, L. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1991, 2229-2233. [ DOI | http ]
[7] Bernlind, C.; Oscarson, S.; Widmalm, G. Carbohydr. Res. 1994, 263, 173-180. [ DOI | http ]
[8] Bock, K.; Duus, J. O.; Hindsgaul, O.; Lindh, I. Carbohydr. Res. 1992, 228, 1-20. [ http ]
[9] Bock, K.; Pedersen, C.; Pedersen, H.; Tipson, R. S.; Horton, D. Adv. Carbohyd. Chem. Biochem. 1984, 42, 193-225. [ http ]
[10] Bouwstra, J. B.; Kerékgyártó, J.; Kamerling, J. P.; Vliegenthart, J. F. Carbohydr. Res. 1989, 186, 39-49. [ http ]
[11] Boyd, J.; Porteous, R.; Soffe, N.; Delepierre, M. Carbohydr. Res. 1985, 139, 35-46. [ DOI | http ]
[12] Breg, J.; Romijn, D.; van Halbeek, H.; Vliegenthart, J. F. G.; Visser, R. A.; Haasnoot, C. A. G. Carbohydr. Res. 1988, 174, 23-36. [ DOI | http ]
[13] Capek, P. Carbohydr. Res. 2008, 343, 1390-1393. [ DOI | http ]
[14] Di?az, A.; Fontana, E. C.; Todeschini, A. R.; Soule?, S.; Gonza?lez, H.; Casaravilla, C.; Portela, M.; Mohana-Borges, R.; Mendonc?a-Previato, L.; Previato, J. O.; Ferreira, F. Biochemistry 2009, 48, 11678-11691. [ DOI | http ]
[15] Duus, J. .; Nifant'ev, N. E.; Shashkov, A. S.; Khatuntseva, E. A.; Bock, K. Isr. J. Chem. 2000, 40, 223-239. [ DOI | http ]
[16] Duus, J. O.; Nifant'ev, N.; Shashkov, A. S.; Khatuntseva, E. A.; Bock, K. Carbohydr. Res. 1996, 288, 25-44. [ http ]
[17] Engskog, M. K.; Yildirim, H. H.; Li, J.; Richards, J. C.; Deadman, M.; Hood, D. W.; Schweda, E. K. Carbohydr. Res. 2009, 344, 632-641. [ DOI | http ]
[18] Euzen, R.; Ferrières, V.; Plusquellec, D. Carbohydr. Res. 2006, 341, 2759-2768. [ DOI | http ]
[19] Grönberg, G.; Lipniunas, P.; Lundgren, T.; Lindh, F.; Nilsson, B. Arch. Biochem. Biophys. 1990, 278, 297-311. [ http ]
[20] Grönberg, G.; Nilsson, U.; Bock, K.; Magnusson, G. Carbohydr. Res. 1994, 257, 35-54. [ DOI | http ]
[21] Helander, A.; Kenne, L.; Oscarson, S.; Peters, T.; Brisson, J. Carbohydr. Res. 1992, 230, 298-318. [ DOI | http ]
[22] Hermansson, K.; Jansson, P. E.; Kenne, L.; Widmalm, G.; Lindh, F. Carbohydr. Res. 1992, 235, 69-81.
[23] Hinz, S. W. A.; Verhoef, R.; Schols, H. A.; Vincken, J.; Voragen, A. G. J. Carbohydr. Res. 2005, 340, 2135-2143. [ DOI | http ]
[24] Jansson, P.; Kenne, L.; Widmalm, G. Carbohydr. Res. 1989, 188, 169-191.
[25] Jansson, P.; Kenne, L.; Kolare, I. Carbohydr. Res. 1994, 257, 163-174. [ DOI | http ]
[26] Jansson, P.; Kenne, L.; Ottosson, H. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1990, 2011-2018. [ DOI | http ]
[27] Jansson, P.; Kenne, L.; Persson, K.; Widmalm, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1990, 591-598. [ DOI | http ]
[28] Jansson, P.; Kenne, L.; Schweda, E. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1987, 377-383. [ DOI | http ]
[29] Jansson, P.; Kenne, L.; Schweda, E. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1988, 2729-2736. [ DOI | http ]
[30] Jansson, P.; Kenne, L.; Widmalm, G. Carbohydr. Res. 1989, 188, 169-191. [ DOI | http ]
[31] Jansson, P.; Kenne, L.; Widmalm, G.; Simoncsits, A.; M?nsted, O.; Weihe, H. Acta Chem. Scand. 1991, 45, 517-522. [ DOI | http ]
[32] Jansson, P.; Kjellberg, A.; Rundlöf, T.; Widmalm, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1996, 33-37. [ DOI | http ]
[33] Jansson, P.; Widmalm, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1992, 1085-1090. [ DOI | http ]
[34] Jaseja, M.; Perlin, A. S.; Dubinsky, O.; Christiaen, D.; Arad, S. M.; Glaser, R. Carbohydr. Res. 1989, 186, 313-319. [ DOI | http ]
[35] Lee, H. H.; Congson, L. N.; Whitfield, D. M.; Radics, L. R.; Krepinsky, J. J. Can. J. Chem. 1992, 70, 2607-2617. [ DOI | http ]
[36] Lipkind, G. M.; Shashkov, A. S.; Nechaev, O. A.; Torgov, V. I.; Shibaev, V. N.; Kochetkov, N. K. Bioorg. Khim. 1989, 15, 1366-1374.
[37] Lipkind, G. M.; Nifant'ev, N. E.; Shashkov, A. S.; Kochetkov, N. K. Can. J. Chem. 1990, 68, 1238-1250. [ DOI | http ]
[38] Lycknert, K.; Edblad, M.; Imberty, A.; Widmalm, G. Biochemistry 2004, 43, 9647-9654. [ DOI | http ]
[39] I.D., M.; J., R.; R.O., G.; J., P.; C., J.; M., W.; A., P.; T., R.; P., K. Carbohydr. Res. 2002, 337, 161-166. [ DOI ]
[40] Nifant'ev, N. E.; Shashkov, A. S.; Lipkind, G. M.; Kochetkov, N. K. Carbohydr. Res. 1992, 237, 95-113. [ DOI | http ]
[41] Nifantiev, N. E.; Mamyan, S. S.; Shashkov, A. S.; Kochetkov, A. K. Russian Journal of Bioorganic Chemistry 1988, 14, 187-197.
[42] O'Connor, J. V.; Nunez, H. A.; Barker, R. Biochemistry 1979, 18, 500-507. [ http ]
[43] Poláková, M.; Roslund, M. U.; Ekholm, F. S.; Saloranta, T.; Leino, R. Eur. J. Org. Chem., 870-888.
[44] Probert, M. A.; Zhang, J.; Bundle, D. R. Carbohydr. Res. 1996, 296, 149-170. [ DOI | http ]
[45] V., R.; L., L.; E., L.; G.P., E. Carbohydr. Res. 1997, 297, 289-295. [ DOI ]
[46] Rashid, A.; Mackie, W.; Colquhoun, I. J.; Lamba, D. Can. J. Chem. 1990, 68, 1122-1127. [ DOI | http ]
[47] Roslund, M. U.; Säwén, E.; Landström, J.; Rönnols, J.; Jonsson, K. H. M.; Lundborg, M.; Svensson, M. V.; Widmalm, G. Carbohydr. Res., In Press, Accepted Manuscript. [ DOI | http ]
[48] Rundlöf, T.; Widmalm, G. Anal. Biochem. 1996, 243, 228-233. [ DOI | http ]
[49] Sabesan, S.; Bock, K.; Paulson, J. C. Carbohydr. Res. 1991, 218, 27-54. [ http ]
[50] Severn, W. B.; Richards, J. C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 1114-1120. [ DOI | http ]
[51] Strecker, G.; Wieruszeski, J. M.; Martel, C.; Montreuil, J. Carbohydr. Res. 1989, 185, 1-13. [ http ]
[52] Suárez, E. R.; Kralovec, J. A.; Grindley, T. B. Carbohydr. Res. 2010, 345, 1190-1204. [ DOI | http ]
[53] Thompson, J.; Robrish, S. A.; Pikis, A.; Brust, A.; Lichtenthaler, F. W. Carbohydr. Res. 2001, 331, 149-161. [ DOI | http ]
[54] Tinnert, A.; Mansson, M.; Yildirim, H. H.; Hood, D. W.; Schweda, E. K. Carbohydr. Res. 2005, 340, 1900-1907. [ DOI | http ]
[55] Zerbetto, M.; Polimeno, A.; Kotsyubynskyy, D.; Ghalebani, L.; Kowalewski, J.; Meirovitch, E.; Olsson, U.; Widmalm, G. J. Chem. Phys. 2009, 131, 234501. [ DOI | http ]
[56] Zhao, Y.; Thorson, J. S. Carbohydr. Res. 1999, 319, 184-191. [ DOI | http ]

This file was generated by bibtex2html 1.94.

Trisaccharide publications

The following articles are used for trisaccharide data in CASPER:
[1] Adeyeye, A.; Jansson, P.; Kenne, L.; Widmalm, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1991, 963-973. [ DOI | http ]
[2] Baumann, H.; Erbing, B.; Jansson, P.; Kenne, L. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1989, 2167-2178. [ DOI | http ]
[3] Baumann, H.; Erbing, B.; Jansson, P.; Kenne, L. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1989, 2153-2165. [ DOI | http ]
[4] Bock, K.; Meldal, M.; Bundle, D. R.; Iversen, T.; Pinto, B. M.; Garegg, P. J.; Kvanström, I.; Norberg, T.; Lindberg, A. A.; Svenson, S. B. Carbohydr. Res. 1984, 130, 35-53. [ DOI | http ]
[5] Duus, J. .; Nifant'ev, N. E.; Shashkov, A. S.; Khatuntseva, E. A.; Bock, K. Isr. J. Chem. 2000, 40, 223-239. [ DOI | http ]
[6] Duus, J. O.; Nifant'ev, N.; Shashkov, A. S.; Khatuntseva, E. A.; Bock, K. Carbohydr. Res. 1996, 288, 25-44. [ http ]
[7] Hermansson, K.; Jansson, P. E.; Kenne, L.; Widmalm, G.; Lindh, F. Carbohydr. Res. 1992, 235, 69-81.
[8] Jansson, P.; Kjellberg, A.; Rundlöf, T.; Widmalm, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1996, 33-37. [ DOI | http ]
[9] Khatuntseva, E. A.; Ustuzhanina, N. E.; Zatonskii, G. V.; Shashkov, A. S.; Usov, A. I.; Nifant'ev, N. E. J. Carbohydrate Chemistry 2000, 19, 1151-1173. [ DOI ]
[10] Kochetkov, N. K.; Lipkind, G. M.; Shashkov, A. S.; Nifant'ev, N. E. Carbohydr. Res. 1991, 221, 145-168. [ DOI | http ]
[11] Lichtenthaler, F. W.; Schneider-Adams, T.; Immel, S. J. Org. Chem. 1994, 59, 6735-6738. [ DOI | http ]
[12] Lipkind, G. M.; Nifant'ev, N. E.; Shashkov, A. S.; Kochetkov, N. K. Can. J. Chem. 1990, 68, 1238-1250. [ DOI | http ]
[13] Nifant'ev, N. E.; Shashkov, A. S.; Lipkind, G. M.; Kochetkov, N. K. Carbohydr. Res. 1992, 237, 95-113. [ DOI | http ]
[14] Poláková, M.; Roslund, M. U.; Ekholm, F. S.; Saloranta, T.; Leino, R. Eur. J. Org. Chem., 870-888.
[15] Roslund, M. U.; Säwén, E.; Landström, J.; Rönnols, J.; Jonsson, K. H. M.; Lundborg, M.; Svensson, M. V.; Widmalm, G. Carbohydr. Res., In Press, Accepted Manuscript. [ DOI | http ]
[16] Söderman, P.; Jansson, P.; Widmalm, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1998, 639-648. [ DOI | http ]
[17] Thompson, J.; Robrish, S. A.; Pikis, A.; Brust, A.; Lichtenthaler, F. W. Carbohydr. Res. 2001, 331, 149-161. [ DOI | http ]

This file was generated by bibtex2html 1.94.